島津家の祖である島津忠久(惟宗忠久)は鎌倉幕府の御家人(源頼朝の子という説もあり)で、文治2年（1186）に薩摩・大隅・日向の地頭に任命されると家臣の本田貞親を派遣し、建久七年（1196）現在の出水市江内に木牟礼城(きのむれじょう)を築城しました。山田聖栄自記や島津国史、三国名勝図会によれば、山門院から島津院（現在の宮崎県都城市）に移ったとする伝承もあります。しかし、史実としては忠久が山門院、島津院に移住したかは定かではなく、伝承にすぎないとも云われています。島津忠久は鎌倉で活動してそこで生涯を終えました。墓は鎌倉市にあります。二代目島津忠時も同様に鎌倉で没しました。三代目島津久経(ひさつね)が元寇(げんこう)を機に下向して以来、南九州への在地化が本格化し、四代目島津忠宗は島津氏として初めて薩摩の地で没しました。 島津家当主で南九州に土着したのは五代目島津貞久以降で、延元4年・暦応2年(1339)頃造られた碇山城(いかりやまじょう)（薩摩川内市）に貞久の守護所が置かれていたといいます。南北朝の動乱の後、総州家と奥州家の勢力争いが起き、総州家が奥州家に滅ぼされると、木牟礼城もその存在価値を失い廃城となりました。木牟礼城の近くにある野田の感応寺(現出水市野田町)には、島津五代(忠久、忠時、久経、忠宗、貞久)を祭った五廟社(ごびょうしゃ)と呼ばれる墓があります。出水は島津氏が南九州を支配する最初の拠点となったところです。

室町時代～戦国時代、出水・阿久根を統治していたのは薩州島津家と称された島津氏の分家にあたる一族でした。島津宗家8代当主である島津久豊の次男、薩摩守と称した島津用久(もちひさ)（好久）が初代となり1453年頃、出水の亀ヶ城(花見ヶ城)に入りました。2代当主国久の死後に起こった御家騒動は、他の分家をも巻き込んだ騒乱となりました。一時は半独立状態にありましたが、5代当主実久は島津宗家当主の座を巡る争いで、一時的に宗家当主・薩摩守護に就いたと考えられていますが、最終的には同じく分家の伊作家、忠良、貴久親子に敗北しました。以後は島津宗家を継いだ伊作家系に従うことになります。7代当主忠辰(ただとき)は豊臣秀吉の九州平定の際、肥後国方面にあり八代南方の高田（こうだ 現在の肥後高田駅近辺）を守っていましたが、肥前国島原の有馬晴信の裏切りによって本領出水に撤退しました。天正15年（1587）4月、秀吉に降伏し本領を安堵されました。 文禄2年（1593）、朝鮮出兵の際には島津義弘に属して出兵することになっていましたが、義弘と陣立(じんだて)を別にしてくれるよう秀吉に直訴しました。秀吉は忠辰の願いを聞き入れなかったため、やむなく義弘と共に玄界灘を渡ったものの病気と称して上陸しませんでした。この忠辰の行動は秀吉の怒りをかい、同年5月1日、肥後宇土城主の小西行長に身柄を預けられ幽閉された上で改易を申し渡されました。それからほどなくして、朝鮮加徳島の小西陣中にて病死し（享年28才）、薩州家はその所領を失うことになり、出水・阿久根は豊臣家の直轄領となりました。その後、島津家に返還されています。